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田间转移时如果不小心会导致微耕机侧翻，碰到这种情况要立即停机，若因操作机构损坏导致发动机不能停机的，可立即按减压手柄停车（这种方法只允许在发动机不能正常停机或柴油机飞车等紧急情况下使用）；机器有小故障时要尽快处理，否则“小病不医，终成大患”。注意：在清理旋耕刀具上缠绕的杂草或处理其它小故障时，一定要先停机后实施；冬天气温低柴油机不好起动时，可更换符合牌号的粘度较小的机油，严禁用进气点火的方式起动。
微耕机使用季节性强，农闲期停放往往长达半年以上，若停放方法不当，也会损坏（比如：气门关闭不严会造成气门和缸套生锈等）。需要长期停放的微耕机，在最后一次用完后，要趁热排出柴油机内的旧机油，注入新机油，拆下气缸盖罩上的加油螺塞，加入大约2毫升机油，按下减压起动手柄不要松开，拉动反冲起动拉绳5-6次（一般不需要起动柴油机），然后松开减压手柄，慢慢拉动起动拉绳，直至感觉有较大阻力为止。放掉柴油机油箱中的柴油（可留少许）。接着放出变速行走箱中的机油，注入新的机油，最后清除微耕机及刀具上的机油、泥土、杂草等，把机器存放在通风干燥和不被日晒雨淋的地方。